高町奈叶（田村由香里配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

月臣学院高等部一年级的鸣海步（铃村健一配音）拥有着极高的智商和缜密的推理能力，但即使是这样，小时候的他也一直都生活在哥哥鸣海清（井上和彦配音）的阴影里。令他意想不到的是，两年前的某天，哥哥留下了“诅咒之子”的讯息后神秘失踪了。对于哥哥的失踪，鸣海步一直都耿耿于怀，他既想得知一直敬仰的哥哥的下落，又想弄清楚哥哥一直痴迷于研究的所谓的“诅咒之子”和“不为人知的真相”究竟是什么。鸣海步结识了学姐结崎雏乃（浅野真澄配音），后者在校园中的巨大情报网络为鸣海步的追踪提供了便利。随着调查的发展，一个足以颠覆鸣海步的世界的真相渐渐地浮出了水面。动画片改编自漫画家城平京的同名漫画，该作因其轻松的校园风格和严谨的推理在读者中积累了巨大的人气。