香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

金蛇郎君夏雪宜（江华饰）全家被温家堡恶人所杀，前往温家寻仇的过程中与温家小姐温仪（吴美珩饰）相爱结合生下女儿青青，却无奈温家几老利用温仪使夏雪宜重伤，温仪亦被推入井中活埋。成年后的青青（欧子欣饰）蛮横凶恶，巧遇了袁崇焕之子袁承志（林家栋饰），日久生情，但是袁承志却钟情于救下的弱女子阿九（佘诗曼饰）。袁承志此时已经是金蛇郎君的徒弟，誓报父仇，金蛇郎君与五毒教妖女何红药（关宝慧饰）之间恩怨纠缠，牵扯到了若干人等，而阿九的真正身份居然是明朝公主，李自成起义、清兵入关，国仇家恨爱恨情仇，袁承志该如何抉择？

秦朝末年，苛捐杂税重如山，民不聊生。富家千金吕雉（张可颐饰）虽为女儿身，却胸怀大志，女扮男装外出寻找有志之士。她发现了时任泗水亭长刘邦（郑少秋饰）宅心仁厚，对他渐渐生出好感。项羽（江华饰）密谋起义，为了招揽黥面贼英布，单枪匹马闯入秦军军中将英布的仇人将领赵常斩杀，终于将英布收到帐下。刘邦发现了项羽的秘密。项羽本来想杀他灭口，但刘邦却对他表现得十分敬畏，哭诉了暴秦令人民生活凄苦，因此愿为他效力推翻暴君。于是项羽被感动了，决定招揽他，两人更以兄弟相称。随后，吕雉主动嫁给了刘邦，她知道自己将会辅助刘邦成就大业。秦始皇病逝，赵高扶立秦二世，秦二世荒淫无度，更引得天下大乱，群雄并起。项羽时势造英雄，终于揭竿起义了！

阿佑（王喜饰）从小要立志成为一名出色的消防员。成年后的他与好友阿兴（钱嘉乐饰）、阿拔（郑敬基饰）一同报考了消防学校。此间，他们认识了阿瑶（关咏荷饰）、阿柏（古天乐饰）还有子基（邓兆尊饰）。成为了好友的他们在毕业之后各自分派到了不同消防部门。除了阿柏以外，他们几个都派到了阿峰（李子雄饰）的队伍中，阿佑的出色表现更获得阿峰的欣赏，。阿佑的母亲突然病危，令阿佑意想不到的是他与峰竟是同父异母的兄弟，再者，两人在工作上也出现了极大的分歧，两人关系迅速降温。被派往驻守长洲的阿柏这时与同事阿翠（梁峥饰）发生了感情，可是阿翠早已是自己哥哥（郑子诚饰）的女友……一群消防精英，除了照顾群众的生命财产安全，还要处理自己的恩怨瓜葛。